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微生態制劑正是通過調節宿主體內的微生態結構，使其在微生態平衡的系統下表現出最佳的生理狀態和最快生長發育，具有最高的抗逆性。通過競爭作用調節宿主體內菌群結構其作用機理主要有以下方面。
1.分泌抑菌物質抑制病原菌增長，乳酸菌通過分泌細菌毒素、過氧化氫、有機酸(包括乳酸、乙酸、丙酸、丁酸等)等物質，使腸道環境pH下降，抑制有害病原微生物生長，產生的過氧化氫抑制病原菌的生長繁殖，使有益微生物在細菌種間相互競爭中占優勢；與病原菌爭奪營養或附著位點，抑制其他微生物的生長。將具有拮抗特性的微生態制劑施人養殖動物體中或添加到飼料中，殺死或抑制病原微生物，為養殖動物提供良好的生存環境；
2.防止有毒物質胺和氨的積累，保護機體不受毒害動物機體在受到某些應激因素的影響下，機體內動物腸道中微生態平衡失調，導致體內菌群比例失調，需氧菌增加，并使蛋白質分解產生胺、氨等有害物質，動物表現為病理狀態。有些益生菌如某些乳酸桿菌、鏈球菌、芽孢桿菌等可以阻止毒性胺和氨的合成。多數好氧菌產生超氧化物歧化酶(SOD)可幫助動物消除氧自由基。有些微生態制劑中的益生微生物如芽孢桿菌在腸道內可產生氨基氧化酶及分解硫化物的酶類，從而降低血液及糞便中氨、吲哚等有害氣體的濃度；
3.刺激免疫系統，提高免疫力。飼料添加劑中的微生態制劑是很好的免疫激活劑，能刺激動物產生干擾素，提高免疫球蛋白濃度和巨噬細胞的活性，通過非特異性免疫調節因子等激發機體免疫功能。動物口服益生菌后，調整腸道菌群，使腸道微生態系統處于最佳的平衡狀態，活化腸黏膜內的相關淋巴組織，使SLGA舭抗體分泌增強，提高免疫識別能力，并誘導T，B淋巴細胞和巨噬細胞等產生細胞因子，通過淋巴細胞再循環而活化全身免疫系統，從而增強機體的免疫系統；
4.對動物的生長有一定的促進作用，增強機體抵抗力作為飼料添加劑的微生態制劑，其菌體含有大量的營養物質，可為動物補充營養。光合細菌粗蛋白含量高達65％，還含有豐富的B族維生素、泛酸、生物素、與造血血紅蛋白形成有關的葉酸、類胡蘿卜素、鈣、磷和多種微量元素、輔酶Q等。
一些微生物在發酵或代謝過程中產生促生長素之類的生理活性物質，產生各種酶類并提高動物的消化酶活性，有助于食物的消化吸收，促進生長發育。
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