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1、對動物腸道功能重新認識的問題。動物腸道是營養物質消化、吸收和代謝的主要場所，也是體內最大的內分泌器官之一，腸道還是體內最大的免疫器官和免疫屏障，腸道黏膜具有特異性免疫效應和非特異性免疫屏障機制。因此，應用微生態健康養殖，保持動物腸道的微生態平衡，調節好了動物的腸道功能，保持動物腸道健康，就意味著調節好了動物的全身機能。
2、關于對腸道微生物及微生態環境的認識問題。動物體內的微生物種類繁多，數量龐大。腸道菌群是微生物與其宿主在共同的歷史進化過程中所形成的生態系，對動物是有益的、必要的和不可缺少的。因此，菌群與菌群之間和微生物與宿主之間以共生拮抗關系構成了一個相對穩定的微生態系統。維持腸道微生態的動態平衡對于動物消化、免疫和物質能量代謝等均具有十分重要的作用。
3、關于全程使用的問題。大量的使用結果表明：應用微生態健康養殖技術，首先要考慮全程應用，對提高動物繁殖性能和生產性能、增強免疫力和提高抗病能力、消除免疫抑制、減少動物疫病的發生以及提高生產水平極為有利。
4、關于從出生就使用的問題。出生動物的胃腸道是無菌的，在出生2小時內即可以檢測出腸道微生物，正常情況下乳酸桿菌為優勢菌，病態情況下，特別是發生腸道疾病時則以大腸桿菌為優勢菌。因此，從出生時應用微生態健康養殖可幫助幼小動物就建立有益優勢微生物種群，能有效防治疾病，大幅提高成活率，促進生長。
5、關于加強免疫消毒和日常管理的問題。應用微生態健康養殖技術，不能代替免疫和消毒，應注意按科學的免疫程序和消毒程序做好免疫和消毒工作。加強日常管理，注意清潔衛生。選用質量好的預混料和采用科學的飼料配方。
6、關于微生態制劑的選擇問題。應用微生態健康養殖，微生態制劑的選擇是關鍵。一是要選擇高新生物技術生產廠家;二是產品的功能要明確，最好能滿足不同品種、不同生長階段對產品的要求;三是要選擇技術含量高、技術設備先進、服務完善、經生產應用既有防病效果又有顯著提高群體生產和生長性能的生產廠家的產品。
我們深信：在微生態學說理論指導下，隨著現代生物工程技術的不斷發展和微生物制造技術的研究創新，通過國家的政策扶持和廣大的畜牧科技工作者和養殖者的努力實踐、認真總結、積極探索，一個嶄新的微生態健康養殖時代必將到來!
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